Etter å ha levd skjermet fra den menneskelige verden i mange år, satte Turtle-brødrene seg fore å vinne hjertene til New Yorkere og bli akseptert som normale tenåringer gjennom heroiske handlinger. Deres nye venn April O'Neil hjelper dem med å bekjempe et mystisk forbrytersyndikat, men de tar seg snart vann over hodet når en hær av mutanter slippes løs på dem.