Yrkesmorderen og forhenværende elitesoldat John Rain er spesialist i å utføre sine mord slik at de ser ut som naturlige dødsfall. I forbindelse med et mord i Tokyos tunnelbane starter nå en intensiv jakt ledet av CIAs sjef i Japan som er overbevist om at John har stjålet en databrikke med verdifull informasjon. Også den japanske mafiaen, Yakuzan, er ute etter det samme og sender sine menn etter ham. Nå starter en komplisert katt-og-mus lek med ikke bare Johns liv som innsats.