Året er 1951. Marcus Messner (Logan Lerman) er en talentfull ung mann, som i tillegg til studiene arbeider ekstra i foreldrenes kosherslakteri i New Jersey. Når han får et stipend til et konservativt college i Ohio oppfyller han sine to ønsker: å unngå å bli innkalt til Koreakrigen, og å komme bort fra sin fanatisk engstelige far. Marcus tar sitt nye liv på alvor, men alt blir ikke som han hadde tenkt. Plutselig møter han den vakre Olivia Hutton og blir hodestups forelsket, til tross for hennes skandaløse omdømme. Når han samtidig kommer i konflikt med skolens autoritære Dean blir hans nøysomme planer satt på prøve. Indignation er basert på Philip Roths roman med samme navn.