En soldat under den amerikanske borgerkrigen flykter fra slagmarken, desillusjonert av grusomhetene familien hans ble utsatt for. På flukt samler han støtte fra andre desertører til å lede et opprør mot sine tidligere kamerater, med mål om å skape en trygg havn. Han innleder også et forbudt forhold som skulle vise seg å bli historisk. The Free State of Jones er basert på den spennende, rørende og sanne historien om Newton Knight.