Hank er strandet på en øde øy og har gitt opp alt håp om å komme seg hjem igjen. Når liket Manny blir skylt i land forandrer alt seg. De to blir raskt venner og drar på et fantastisk eventyr for å få Hank tilbake til kvinnen i hans liv. Swiss Army Man viser en verden full av fantasi og magisk realisme, men med virkelige karakterer man kan relatere til i både drømmer og virkelighet.