På en bondegård i Skåne bor den bråkete og ulydige 12-åringen Nils Holgersson. Som straff for sine ugjerninger mot dyrene på gården, blir han tryllet om til en liten pusling av gårdens husnisse. Fra å ha vært stor og tøff, blir han nå liten og forsvarsløs. Når han forsøker å hindre tamgåsa Morten fra å forlate gården, blir han sittende fast i Mortens halsbånd. Nils blir tvunget opp i luften sammen med Morten. Dette er starten på et fantastisk eventyr for Nils som reiser fra syd i Skåne til nord i Lappland.