Den karismatiske presten fader Flynn forsøker å tøye på skolens harde og strikte regime som lenge har vært håndhevet av søster Aloysius Beauvier, den konservative rektoren som tror på makt og disiplin. Politikken utvikles og skolen har nettopp tatt inn sin første svarte student, Donald Miller. Når naive søster James forteller søster Aloysius at fader Flynn retter for mye privat oppmerksomhet mot Donald...