På 1960-tallet ble rovfisken nilabbor satt ut i Victoriasjøen i hjertet av Afrika som en del av et forskningsprosjekt. Rovfisken spredte seg raskt over hele innsjøen og utryddet nesten alt annet liv. På grunn av fiskens raske formering utviklet fiskeri seg til en stor næring, bare ikke for lokalbefolkningen. Daglig flys 500 tonn fisk ut av Tanzania for å havne på markeder i Europa og Japan. Lokalbefolkningen sitter igjen med fiskeavfallet. DARWIN'S NIGHTMARE ser ved første øyekast ut til å være en film om forskjeller i levestandard, og gapet mellom nord og sør, men den er også mye mer: Regissør Hubert Sauper intervjuer EU-utsendinger, fiskere, prostituerte, piloter og gategutter for å se ringvirkningene av fiskeeksporten. Han møter et område rammet av sult, alkoholisme, prostitusjon, kriminalitet og aids. Samtidig kommer lasteflyene med våpen fra Europa; de blodige krigene i området er god butikk. DARWIN'S NIGHTMARE viser en grusom virkelighet som den vestlige globaliserte verden helst vil lukke øyene for.