Under Den kalde krigen gikk det ofte en kule varmt, også her i Norge. Grupperinger finansiert av CIA planla og gjennomførte falske terroraksjoner for å mane folket til krig mot Sovjet. Heldigvis fantes det motkrefter: HM Kongens Ninjatropp. Fra sin base på idylliske Gressholmen i Oslofjorden intervenerte de norske ninjaene utallige ganger og reddet oss fra å gå til krig mot et vennligsinnet naboland. Ninjaer gjennomsøkte hver eneste fjordarm etter påståtte sovjetiske ubåter, og gjorde alt i deres makt for å forhindre sabotasje både i Nordsjøen og på fastlandet. Sabotørene i den CIA-finansierte undergrunnshæren Stay Behind så stadig sine krigsplaner gå i vasken takket være Ninjatroppen. Hvem som helst kan gjette seg fram til den logiske strategien: Uskadeliggjør Kommandør Treholt! Om filmen: Det er lett å oppfatte fortida som en stor masse av enkelthendelser uten sammenheng. Særlig når viktige brikker i puslespillet mangler, er det vanskelig å se hva som knytter historien sammen. Lettere blir det ikke av at mye av det vi tror vi vet er løgn og dekkoperasjoner. Her er tre fakta: 1: Arne Treholt var ikke spion. 2: Kong Olav hadde en hemmelig ninjatropp. 3: Stay Behind gjennomførte terroraksjoner på norsk kontinentalsokkel. For noen vil alt dette være overraskelser. Andre vil få bekreftet sine mistanker. Noen har nok skjønt at de skremmende hendelsene de var vitne til hadde en sammenheng, men det er først nå den endelig kommer til syne. Ved hjelp av sjeldne arkivopptak og noen få dramatiseringer forteller Kommandør Treholt & Ninjatroppen sannheten om en historie som kunne vært katastrofal uten én manns besluttsomhet.