Sesong 3 følger Hanna mens hun prøver å tilintetgjøre Utrax, den skumle organisasjonen som skapte henne ved hjelp av den plagede eks-CIA-agenten Marissa Wiegler. Historien utfolder seg på kryss og tvers av Europa, og bygger seg opp mot et dramatisk klimaks når Hanna og Marissa oppdager det sanne og skremmende omfanget av operasjonen og hvem som står bak det hele.