Det har gått to år, og ruinene av Midgar står som et minnesmerke over ofrene som ble gjort for å få fred og orden. Men verden står overfor en ny, kommende fare. En mystisk sykdom sprer seg raskt. Gamle fiender er i bevegelse. Og Cloud - som forlot heltelivet for å leve tilbaketrukkethet - må igjen vise sitt mot...